Perkuliahan Mahasiswa Program Magister DPP FISIPOL UGM dimulai sesuai dengan jadwal perkuliahan yang diinformasikan oleh pengelola DPP, dengan mengikuti kalender akademik yang telah ditetapkan oleh pihak universitas dan fakultas. Proses perkuliahan diisi dengan berbagai metode perkuliahan, baik tatap muka di kelas, perkuliahan lapangan, kuliah umum, kuliah online, independent study, dan program magang. Kuliah tatap muka diselenggarakan apabila jumlah mahasiswa minimal 8 (delapan) orang. Apabila tidak terpenuhi maka kuliah dapat dilakukan dengan cara independent study dengan jumlah tatap muka maksimal 7 (tujuh) kali. Jumlah perkuliahan setiap mata kuliah dalam satu semester sedikitnya dilaksanakan dengan 12 kali pertemuan. Pembatalah perkuliahan oleh dosen atau pengelola S2 DPP akan diinformasikan kepada mahasiswa paling lambat 1 hari kerja sebelum jadwal perkuliahan, sedangkan penggantian sesi mata kuliah dilaksanakan atas kesepakatan antara dosen dan mahasiswa. Dengan dilanjutkan oleh penyelanggaraan Ujian Tengah Semester dan Ujian Akhir Semester.

Khusus mahasiswa semester satu diwajibkan untuk mulai memikirkan tema penelitian untuk nantinya berpeluang dijadikan laporan tesis. Tema penelitian bisa didiskusikan dengan dosen-dosen  pengampu mata kuliah S2 DPP atau dengan Dosen Pembimbing Akademik (DPA) masing-masing mahasiswa, sebagaimana yang sudah ditentukan oleh pengelola.  Dalam proses pembimbingan ini, mahasiswa bisa mengkonsultasikan berbagai hal yang terkait dengan proses akademik seperti penentuan peminatan yang diambil hingga desain tesis yang ingin ditulis. Semua proses pembimbingan dan konsultasi tersebut akan dimonitoring secara tertulis melalui Sistem Monitoring Kemajuan Akademik dan Kemajuan Pembimbingan Tesis.

Di akhir semester satu, pengelola Prodi akan meminta mahasiswa untuk mengajukan tema tesis untuk mendapatkan dosen pembimbing tesis. Selanjutnya setelah penentuan dosen pembimbing tesis sudah diumumkan, mahasiswa dengan inisiatif sendiri bisa langsung membuat jadwal bertemu dosen pembimbing. Apabila naskah sudah dianggap layak untuk diujikan maka mahasiswa dapat mengajukan ke pengelola S2 DPP untuk mendapatkan dosen penguji, hari dan tempat pelaksanaan seminar proposal tesis. Apabila seminar proposal tesis dinyatakan lulus maka mahasiswa langsung bisa melakukan penelitian lapangan. Dan apabila dinyatakan tidak lulus maka harus mengikuti seminar penelitian ulang. Kemudian setelah mahasiswa selesai melakukan penelitian diharuskan segera melaporkan kepada dosen pembimbing atas temuan yang dihasilkan.