Perkuliahan Mahasiswa Program Doktoral DPP FISIPOL UGM dimulai sesuai dengan jadwal perkuliahan yang diinformasikan oleh pengelola DPP, dengan mengikuti kalender akademik yang telah ditetapkan oleh pihak universitas dan fakultas. Dalam proses perkuliahan, mahasiswa akan terbagi pada jalur perkuliahan dan non perkuliahan. Proses perkuliahan ini terkait dengan proses penyiapan para kandidat sebagai peneliti mandiri. Dari segi proses, fase dan substansi riset mandiri harus memiliki bobot kompetensi yang memadai. Bagi mahasiswa yang tidak memiliki kompetensi maksimal yang dipersyaratkan akan difasilitasi dengan sejumlah mata kuliah yang diselenggarakan secara terstruktur. Dengan demikian, struktur kurikulum ditujukan untuk menopang kapasitas teoritik dan metodologi yang dipakai di dalam menganalisis isu politik yang ditawarkan kepada mahasiswa kandidat doctor. Namun, jika terdapat bukti bahwa mahasiswa sudah memiliki kompetensi maksimal yang dipersyaratkan, maka mahasiswa tidak diwajibkan mengambil mata kuliah yang ditentukan, yang secara otomatis mahasiswa melalui jalur non-perkuliahan/waived scheme.

Adanya fasilitas berupa perkuliahan dengan mata kuliah dapat diselenggarakan secara terstruktur jika terdapat mahasiswa berjumlah lebih dari 5 mahasiswa. Ketika sudah mencapai lebih dari 5 mahasiswa maka fasilitasi perkuliahan dijalankan dengan pendampingan oleh para ahli/expert atau dengan kelas kuliah pada umumnya.

1. Beban studi program doktor bagi peserta yang berpendidikan magister (S2) sebidang sekurang-kurangnya 40 SKS yang dijadwalkan untuk empat semester dan dapat ditempuh kurang dari empat semester dengan lama studi selama-lamanya 10 (sepuluh) semester.
2. Beban studi program doktor bagi peserta yang berpendidikan magister (S2) tidak sebidang sekurang-kurangnya 50 SKS dan dapat ditempuh sekurang-kurangnya 6 (enam) semester dan selambat-lambatnya 10 (sepuluh) semester.

Mahasiswa yang telah dinyatakan lulus dari ujian komprehensif dapat menempuh proses pembimbingan akademik. Promotor dan Ko-promotor mensupervisi mahasiswa dalam pembuatan proposal, pelaksanaan penelitian dan penyusunan naskah disertasi. Selanjutnya, mahasiswa dapat menempuh ujian proposal setelah disetujui oleh Tim Promotor. Ujian proposal adalah kegiatan terjadwal yang diselenggarakan dengan musim perkuliahan dalam satu semester. Apabila mahasiswa dinyatakan mengulang, ujian hanya boleh diadakan satu kali dan harus diselenggarakan dalam waktu maksimal tiga bulan terhitung sejak ujian proposal yang pertama. Mahasiswa melakukan penelitian disertasi setelah lulus ujian proposal disertasi dan mendapat persetujuan dari Tim Promotor. Tim promotor menyatakan kelayanan naskah disertasi untuk dinilai oleh Tim Penilai. Mahasiswa harus melakukan revisi naskah disertasi paling lama enam bulan terhitung sejak tanggal penilaian naskah disertasi. Mahasiswa menempuh ujian tertutup setelah naskah disertasinya dinyatakan layak oleh Tim Penilai. Mahasiswa Program Doktor yang dinyatakan lulus dalam ujian tertutup dapat mengusulkan mengikuti wisuda atau ujian terbuka.